Pracownia Multiomiki Przestrzennej koncentruje się na nowoczesnych technologiach transkryptomicznych, z transkryptomiką przestrzenną stanowiącą flagowy obszar działalności pracowni oraz na analizach ekspresji genów na poziomie pojedynczych komórek (single-cell RNA-seq). Oferujemy kompleksowe podejście do badań molekularnych, łączące wysokorozdzielczą informację o ekspresji genów z precyzyjnym odwzorowaniem ich lokalizacji w architekturze tkanek.
Od 2021 roku Pracownia Multiomiki Przestrzennej jest certyfikowanym dostawcą usług transkryptomiki przestrzennej, akredytowanym przez firmę 10x Genomics, co potwierdza najwyższą jakość realizowanych analiz oraz ich zgodność z międzynarodowymi standardami. Certyfikacja jest odnawiana corocznie i systematycznie rozszerzana o kolejne platformy technologii spatial transcriptomics, zgodnie z rozwojem oferty 10x Genomics.
Zespół pracowni posiada ponad czteroletnie doświadczenie w zakresie technologii spatial transcriptomics, zdobyte podczas realizacji projektów badawczych oraz specjalistycznych staży zagranicznych. Szkolenia te odbywały się m.in. w Department of Genomics, Berlin Institute for Medical Systems Biology (MDC-BIMSB), będącym częścią Max Delbrück Center (MDC), a także w Laboratory of Genomics and Bioinformatics, Institute of Molecular Genetics, Academy of Sciences of the Czech Republic. Doświadczenie to stanowi solidne zaplecze merytoryczne dla realizacji zaawansowanych projektów badawczych i translacyjnych.
Posiadamy szerokie doświadczenie w pracy z różnorodnym materiałem biologicznym, obejmującym tkanki mózgu, serca, skóry, wątroby, nerek, płuc, jelita, trzustki oraz nadnerczy, a także tkanki embrionalne i rozwojowe. Realizujemy liczne projekty z zakresu onkologii, obejmujące analizy nowotworów litych, takich jak rak jajnika, piersi, jelita grubego, płuca, trzustki oraz glejaki, zarówno w postaci guzów pierwotnych, jak i przerzutów.
Pracujemy z biopsjami klinicznymi, materiałem pooperacyjnym oraz modelami przedklinicznymi, w tym xenograftami nowotworowymi i modelami zwierzęcymi. Nasze analizy obejmują również tkanki układu odpornościowego (śledziona, węzły chłonne, migdałki, szpik kostny) oraz tkanki o złożonej mikroarchitekturze, takie jak tkanki gruczołowe, nabłonkowe i łączne. Realizujemy projekty o różnej skali – od pojedynczych biopsji i fragmentów tkanek, po mikromacierze tkankowe (TMA, tissue microarrays), które umożliwiają wysokoprzepustowe analizy porównawcze.
Realizujemy kompleksowy pipeline analityczny obejmujący wszystkie etapy projektu — od optymalizacji preparatyki histologicznej próbek FFPE oraz świeżo mrożonych (FF), przez generowanie danych z wykorzystaniem platform 10x Genomics (Visium CytAssist, Visium HD, Chromium), aż po zaawansowaną analizę bioinformatyczną. W analizach wykorzystujemy nowoczesne narzędzia dedykowane danym transkryptomicznym, w tym Loupe Browser (10x Genomics), a także pakiet Seurat z integracją danych opartą na algorytmie Harmony, co umożliwia spójne łączenie wielu próbek, warunków eksperymentalnych i modalności. Oferujemy zintegrowane analizy i wizualizacje przestrzenne, obejmujące funkcjonalną adnotację biomarkerów molekularnych, szlaków sygnałowych oraz procesów biologicznych. Dostarczamy wysokiej jakości wyniki gotowe do publikacji, interaktywnej eksploracji oraz dalszych analiz, wspierając na każdym etapie projektu — od projektowania eksperymentu po interpretację biologiczną danych.
Do tej pory naszym kompetencjom zaufały liczne jednostki naukowe i medyczne w Polsce i za granicą, w tym Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu, Uniwersytet Śląski w Katowicach, Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk, Instytut Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego Polskiej Akademii Nauk, Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu, Uniwersytet Medyczny w Białymstoku, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Gdański Uniwersytet Medyczny, Łukasiewicz – PORT Polski Ośrodek Rozwoju Technologii, Uczelnia Łazarskiego, Uniwersytet Medyczny w Łodzi, a także BioAvots SIA na Łotwie oraz Sidra Medicine w Katarze
Równolegle realizujemy nowe projekty badawcze jako konsorcjanci w grantach Narodowego Centrum Nauki (NCN), m.in. we współpracy z Politechniką Gdańską, Narodowym Instytutem Onkologii w Warszawie (Centrum Onkologii) oraz Weill Cornell Medicine (USA), rozwijając innowacyjne zastosowania technologii multiomicznych w badaniach podstawowych i translacyjnych
Łącząc wysoką jakość preparatyki histologicznej z zaawansowaną analizą bioinformatyczną, dostarczamy precyzyjnych, biologicznie interpretowalnych wyników, wspierających badania podstawowe, translacyjne oraz rozwój nowych strategii terapeutycznych. Jesteśmy sprawdzonym partnerem dla zespołów akademickich, instytutów badawczych oraz firm biotechnologicznych i farmaceutycznych.
Współpraca
Jesteśmy otwarci na współpracę naukową i komercyjną.
Zapraszamy do kontaktu w celu omówienia zakresu projektu, możliwości technologicznych oraz indywidualnej oferty współpracy.
📧 spatial@igcz.poznan.pl
📞 +48 61 65 79 209
🏢 Instytut Genetyki Człowieka PAN, ul Strzeszyńska 32, Poznań, Polska