- Plan wykładu „BIOINFORMATYKA” – semestr letni 2024/2025 (wykład fakultatywny)
- SYLLABUS „BIOINFORMATYKA” – semestr letni 2024/2025
BIOINFORMATYKA
Semestr letni 2024/2025
(wykład fakultatywny)
Wykłady będą odbywały się zgodnie z poniższym planem hybrydowo.
Osoba odpowiedzialna: dr Marcin Sajek
| Data | Temat |
|
12 marzec 14:30-16:00 |
Wprowadzenie do bioinformatyki
Metody wysokoprzepustowe w bioinformatyce (dr Marcin Sajek) |
|
18 marzec (wyłącznie on line) 15:30-17:00 |
Metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych
(dr hab. Tomasz Górecki) |
| 26 marzec 14:30-16:00 |
Języki programowania i narzędzia bioinformatyczne
(dr Tomasz Woźniak) |
|
2 kwiecień 14:30 – 16:00 |
Metody sekwencjonowania całej cząsteczki i ich zastosowanie
(dr Marcin Sajek) |
|
9 kwiecień 14:30 – 16:00 |
Wprowadzenie do uczenia maszynowego
(dr Marcin Sajek) |
|
29 kwiecień 13:00 – 14:30 |
Transkryptomika przestrzenna oraz pojedynczej komórki
(Yukie Kashima, University of Tokyo) |
|
13 czerwca 11:45 -13:45 |
Ocena jakości struktur 3D RNA(dr hab. Maciej Antczak) |
|
20 czerwiec 9:45 -11:15 |
Modelowanie struktury trzeciorzędowej RNA i białek
(dr hab. Maciej Antczak) |
BIOINFORMATYKA
Semestr letni 2024/2025
(Wykłady będą odbywały się w sali seminaryjnej IGC PAN)
| Nazwa przedmiotu | BIOINFORMATYKA |
| Miejsce | Instytut Genetyki Człowieka Polska Akademia Nauk ul. Strzeszyńska 32 |
| Język przedmiotu | angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant zdobywa wiedzę na temat bioinformatyki i biologii obliczeniowej zarówno z zakresu genomiki i transkryptomiki jak i biologii strukturalnej. Przedstawiane zagadnienia obejmują również analizę statystyczną, podstawy programowania i uczenia maszynowego oraz wykorzystanie algorytmów sztucznej inteligencji w bioinformatyce |
| Typ przedmiotu | fakultatywny |
| Semestr/rok | Semestr letni 2024/2025 |
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot | Prof. UAM dr hab. Tomasz Górecki, prof. PP dr hab. Maciej Antczak, prof. Yukie Kashima, dr Tomasz Woźniak, dr Marcin Sajek |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | dr Marcin Sajek |
| Sposób realizacji | Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych |
| Wymagania wstępne i dodatkowe | Znajomość języka angielskiego, biologii molekularnej oraz matematyki |
| Liczba punktów ECTS | 2 ECTS |
| Bilans punktów ECTS | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów. |
| Stosowane metody dydaktyczne | Wykład na podstawie prezentacji przygotowanej w programie power point oraz rzutnika multimedialnego |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | egzamin ustny |
| Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena egzaminu |
| Treść przedmiotu | metody sekwencjonowania i sposoby ich analizy
-metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych -jezyki programowania -biologiczne bazy danych -metody sekwencjonowania pojedynczej cząsteczki -podstawy uczenia maszynowego -transkryptomika przestrzenna -sekwencjonowanie pojedynczej komórki -metody przewidywania struktur RNA i białek -algorytmy AI w biologii strukturalnej |
| Materiały dodatkowe | Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF oraz bibliografia do części wykładów |
| Bibliografia | będzie podana w późniejszym terminie |