- Plan wykładu – Epigenetyka – semestr letni 2020/2021 (wykład obowiązkowy)
- SYLLABUS – Epigenetyka – semestr letni 2020/2021
- Plan wykładu – Bioinformatyka – semestr zimowy 2020/2021 (wykład fakultatywny)
- SYLLABUS – Bioinformatyka – semestr zimowy 2020/2021
- Plan Seminarium doktoranckie – Semestry zimowy i letni 2020/2021 (seminarium obowiązkowe)
- SYLLABUS – Najnowsze odkrycia w naukach biomedycznych – semestr zimowy i letni 2020/2021
- Plan lektoratu z języka angielskiego – semestr zimowy 2020/2021
- SYLLABUS -język angielski – semestr zimowy 2020/2021
Epigenetyka
Semestr letni 2020/2021
(wykład obowiązkowy)
Wykład będzie odbywał się online zgodnie z poniższym planem
Osoba odpowiedzialna: prof. Jadwiga Jaruzelska
| Data | Godzina | Temat | Prowadzący |
| 31.03.2021
|
9:00 -10:00
|
Wprowadzenie do epigenetyki
|
Prof. Jadwiga Jaruzelska
|
| 10:00-12:00 | Biochemia procesów modyfikacji nukleotydowych w DNA, w tym enzymy odpowiedzialne za wprowadzanie, odczytywanie oraz usuwanie modyfikacji
|
Prof. Jan Barciszewski | |
| 7.04.2021
|
9:00-12:00 | Chromatynowe nośniki modyfikacji epigenetycznych oraz metodologie stosowane w badaniu tych zjawisk
|
Dr. Weronika Sura |
| 14.04.2021
|
9:00 -11:00 | Rola mikroRNA miogenezie
|
Prof.Krzysztof Sobczak |
| 21.04.2021
|
9:00-11:00
|
Długie niekodujące RNA (lncRNAs) oraz metodologie stosowane w analizie ich funkcji
|
Dr hab. Agnieszka Dzikiewicz-Krawczyk |
| 28.04.2021
|
9:00-11:00 | Cyrkularne RNA (cricRNAs) oraz metodologie stosowane w ich analizie
|
Dr Monika Piwecka |
| 5.05.2021
|
9:00 -10:00 | RNA oddziałujące z białkami PIWI (piRNA) – funkcje odpowiedzialne za stabilność genomu oraz epigenetyczne przekazywanie informacji
|
Dr Monika Piwecka |
| 12.05.2021
|
9:00-11:00 | Poza kodem genetycznym: Kody histonowe oraz polimerazy RNA II w cyklu transkrypcyjnym
|
Dr hab.Kinga Kamieniarz-Gdula |
| 19.05.2021
|
9:00 -11:00 | Epigenetyczne dziedziczenie cech poprzez RNA dostarczane w plemniku
Interakcja pomiędzy znakami epigenetycznymi a środowiskiem
|
Prof. Jadwiga Jaruzelska |
| 26.05.2021 | 9:00-12:00 | Epigenetyka a choroby człowieka | Prof. Jadwiga Jaruzelska |
Semestr letni 2020/2021
(Wykład będzie odbywał się w trybie online w środy, począwszy od 31marca 2021)
| Nazwa przedmiotu | Epigenetyka |
| Miejsce | online |
| Język przedmiotu | angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant zdobywa wiedze na temat szeregu aspektów dotyczących epigenetycznych zjawisk w rozwoju człowieka, oraz ich znaczenia dla zdrowia człowieka oraz w kontekście chorób:
Wykłady będą poświęcone w szczególności następującym zagadnieniom: – omówienie znaczenia pojęcia „epigenetyka” – typy epigenetycznych modyfikacji nukleotydowych w ludzkim – enzymy oraz inne białka zaangażowane w nakładaniu epigenetycznych znaków, ich utrzymywaniu oraz zmazywaniu – nośniki epigenetycznych znaków w chromatynie – funkcjonalne znaczenie mikroRNA oraz innych małych niekodujących RNA w epigenetycznej regulacji ekspresji genów – koliste RNA: pochodzenie oraz znaczenie funkcjonalne oraz metodologie w ich identyfikacji i funkcji – funkcje piRNA w stabilizowaniu genomu oraz epigenetycznym przekazywaniu informacji – rola plemnikowego RNA w dziedziczeniu epigenetycznym – dynamika epigenetycznego programu w cyklu życiowym człowieka – wpływ czynników środowiska na wzór epigenetyczny genomu ludzkiego – epigenetyka a choroby człowieka 2. Doktorant zdobywa wiedzę na temat nowych kierunków badań w dziedzinie epigenetyki w kontekście zdrowia człowieka oraz chorób 3. Uczy się formułować pytania badawcze związane z zagadnieniami dotyczącymi epigenetyki w kontekście zdrowia człowieka |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Semestr/rok | Semestr letni 2020/2021 |
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot | Prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | Prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska |
| Sposób realizacji | Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych, po którym nastąpi dyskusja |
| Wymagania wstępne oraz dodatkowe | Znajomość języka angielskiego oraz biologii molekularnej |
| Liczba punktów ECTSs | 3 ECTS |
| Bilans punktów ECTSs | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej). |
| Stosowane metody dydaktyczne | Wykład na podstawie prezentacji przygotowanej w programie power point oraz rzutnika multimedialnego |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Egzamin pisemny |
| Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena egzaminu |
| Treść przedmiotu
|
– Epigenetyczne modyfikacje nukleotydowe w DNA
– enzymy zaangażowane w powstawaniu, utrzymywaniu oraz zmazywaniu epigenetycznych modyfikacji nukleotydowych w DNA – chromatynowe nośniki modyfikacji epigenetycznych – długie niekodujące RNA – mikroRNA oraz inne krótkie niekodujące RNA – koliste RNA – piRNA – dziedziczenie epigenetyczne poprzez RNA plemnikowy – dynamika wzoru epigenetycznego w cyklu życiowym człowieka – epigenetyka a choroby genetyczne |
| Materiały dodatkowe | Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF oraz bibliografia do wykładów |
| Bibliografia | Będzie podana w późniejszym terminie |
Semestr zimowy 2020/2021
(wykład fakultatywny)
Wykłady z Bioinformatyki będą odbywały się online za pośrednictwem platformy ZOOM.
| 07.10.2020 | 9:00 – 12:30 | Wprowadzenie do bioinformatyki.
Biologiczne bazy danych. |
Dr Marcin Sajek |
| 12.10.2020 | 9:30 – 11:00 | Wysokoprzepustowe metody ‘omiczne’ w bioinformatyce | Prof. dr hab. Izabela Makałowska |
| 19.10.2020 | 9:30 – 11:00 | Integracja danych z metod wysokoprzepustowych | Prof. dr hab. Izabela Makałowska |
| 26.10.2020 | 9:30 – 11:00 | Metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych | dr hab. Tomasz Górecki UAM |
| 9.11.2020 | 9:30 – 11:00 | Metody pozwalające na sekwencjonowanie całej cząsteczki i ich zastosowanie | Prof. dr hab. Wojciech Makałowski |
| 16.11.2020 | 9:30 – 11:00 | Języki programowania i narzędzia bioinformatyczne | Dr Tomasz Woźniak |
| 23.11.2020 | 9:30-12:40 | Przewidywanie struktury drugorzędowej RNA
Modelowanie struktury trzeciorzędowej białek i RNA |
Prof. dr hab. inż. Marta Szachniuk |
Semestr zimowy 2020/2021
| Nazwa przedmiotu | Bioinformatyka |
| Miejsce | Instytut Genetyki Człowieka
Polska Akademia Nauk ul. Strzeszyńska 32 |
| Język przedmiotu | Angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant zdobywa wiedzę na temat różnych działów bioinformatyki, m.in. posługiwania się biologicznymi bazami danych, języków programowania, narzędzi bioinformatycznych on-line, technik wysokoprzepustowych i integracji danych z tych technik, a także podstaw bioinformatyki strukturalnej |
| Typ przedmiotu | Fakultatywny |
| Semestr/rok | Semestr zimowy 2020/2021 |
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot
|
dr Marcin Sajek |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | dr Marcin Sajek |
| Sposób realizacji | Wykład będzie prowadzony w języku angielskim z użyciem środków audiowizualnych |
| Wymagania wstępne i dodatkowe | Znajomość języka angielskiego |
| Liczba punktów ECTS | 2 |
| Bilans punktów ECTS | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii. |
| Stosowane metody dydaktyczne | Wykład na podstawie prezentacji (PDF) oraz rzutnika multimedialnego |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Egzamin ustny |
| Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena egzaminu |
| Treść przedmiotu | 1. Wprowadzenie do bioinformatyki (Marcin Sajek)
2. Biologiczne bazy danych (Marcin Sajek) 3. Języki programowania i narzędzia bioinformatyczne on-line (Tomasz Woźniak) 4. Wysokoprzepustowe metody ‘omiczne’ w bioinformatyce (Izabela Makałowska) 5. Integracja danych z metod wysokoprzepustowych (Izabela Makałowska) 6. Metody statystyczne w analizie danych wysokoprzepustowych (Tomasz Górecki) 7. Metody pozwalające na sekwencjonowanie całej cząsteczki i ich zastosowanie (Wojciech Makałowski) 8. Przewidywanie struktury drugorzędowej RNA (Marta Szachniuk) 9. Modelowanie struktury trzeciorzędowej białek i RNA (Marta Szachniuk) |
| Materiały dodatkowe | Prezentacja każdego wykładu w formacie PDF. |
| Bibliografia | Podana zostanie przez poszczególnych prowadzących. |
Semestry zimowy i letni 2020/2021
(seminarium obowiązkowe)
Seminaria będą odbywały się w czwartki w godzinach 9:00-10:00 w sali seminaryjnej Instytutu Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk, Strzeszyńska 32, Poznań
| Przedmiotem seminarium będą następujące zagadnienia | |
| 1 | Prezentacja projektów doktorskich |
| 2 | Prezentacja artykułów oryginalnych zawierających nowe odkrycia w dziedzinach powiązanych z poszczególnymi projektami doktorskimi |
| 3 | Szkolenie w zakresie przygotowywania projektów badań włącznie z projektami kierowanymi do Unii Europejskiej |
| 4 | Szkolenie w zakresie przygotowywania aplikacji o stypendia naukowe |
| 5 | Szkolenie w zakresie profesjonalnego budowania kariery naukowej |
Semestr zimowy i letni 2020/2021
(Seminaria będą odbywały się w czwartki co dwa tygodnie w godzinach 9:00-10:00 w sali seminaryjnej Instytutu Genetyki Człowieka Polskiej Akademii Nauk, Strzeszyńska 32)
| Nazwa przedmiotu | Najnowsze odkrycia w naukach biomedycznych |
| Miejsce
|
Instytutu Genetyki Człowieka
Polskiej Akademii Nauk ul. Strzeszyńska 32 |
| Język | angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant nabędzie następujące umiejętności:
1. prezentowania wyników własnych badań 2. zdobywania i prezentowania wiedzy w zakresie najnowszych odkryć w dziedzinie której dotyczy rozprawa doktorska. 3. w przygotowywaniu projektów badań w tym aplikowaniu o finanse Unii Europejskiej 4. w zakresie przygotowywania aplikacji o stypendia naukowe 5. w zakresie budowania własnej kariery naukowej |
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Semestr/rok | Zimowy i letni 2020/2021
|
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot
|
Prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | Prof. dr hab. Jadwiga Jaruzelska |
| Sposób realizacji | Seminaria będą odbywały się w języku angielskim w formie prezentacji z zastosowaniem sprzętu audio-wizualnego. Po prezentacji następuje dyskusja |
| Wymagania wstępne i dodatkowe | Znajomość języka angielskiego oraz biologii molekularnej |
| Liczba punktów ECTS | 2 ECTS |
| Bilans punktów ECTS | Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej). |
| Stosowane metody dydaktyczne | Seminaria odbywają się w oparciu o prezentację w programie power point oraz rzutnika multimedialnego |
| Metody sprawdzania oraz oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Ocena prezentacji multimedialnej dotyczącej zagadnień wymienionych poniżej |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Pozytywna ocena przygotowania prezentacji multimedialnej |
| Treść przedmiotu | Prezentacja projektów doktorskich
Prezentacja artykułów oryginalnych zawierających nowe odkrycia w dziedzinach powiązanych z poszczególnymi projektami doktorskimi Szkolenie w zakresie przygotowywania projektów badań włącznie z projektami kierowanymi do Unii Europejskiej |
| Materiały dodatkowe | PDF prezentacji |
| Bibliografia | Będzie dostarczona uczestnikom na dwa tygodnie przed seminarium |
Plan lektoratu z języka angielskiego
semestr zimowy 2020/2021
Zajęcia z lektoratu języka angielskiego będą odbywały się co tydzień w środę w salce konferencyjnej
| Grupa A | 10:00 |
| Grupa B | 11:30 |
| Grupa C | 13:00 |
| Grupa D | 14:30 |
Semestr zimowy oraz letni 2020/2021
(ćwiczenia odbywają się w środy i rozpoczynają się dnia 7 października 2020)
| Nazwa przedmiotu | Język Angielski |
| Miejsce:
|
Instytut Genetyki Człowieka
Polska Akademia Nauk ul. Strzeszyńska 32 |
| Język przedmiotu | angielski |
| Efekty kształcenia dla przedmiotu ujęte w kategoriach: wiedzy, umiejętności oraz kompetencji społecznych | Doktorant powinien rozwinąć swoje umiejętności językowe tj. mówienie, pisanie, rozumienie tekstów i rozumienie ze słuchu zarówno w zakresie języka ogólnego jak i akademickiego od poziomu biegłości językowej B2 do poziomu C1. Celem kursu jest: polepszenie poprawności gramatycznej oraz zakresu stosowanych struktur; poszerzenie słownictwa aby umożliwić wypowiedź na różnorodne tematy; poprawienie spójności wypowiedzi dzięki różnorodnym łącznikom oraz znacznikom dyskursu; opanowanie werbalnych i niewerbalnych środków przekazu w celu przedstawiania prezentacji; nabranie pewności siebie w trakcie wystąpień publicznych.
|
| Typ przedmiotu | obowiązkowy |
| Semestr/rok | Semestr zimowy 2020/2021
|
| Imię i nazwisko osoby/osób prowadzącej/prowadzących przedmiot
|
mgr Leszek Ratajczak |
| Imię i nazwisko osoby/osób egzaminującej/egzaminujących bądź udzielającej zaliczenia, w przypadku gdy nie jest to osoba prowadząca dany przedmiot | mgr Leszek Ratajczak |
| Sposób realizacji | ćwiczenia |
| Wymagania wstępne i dodatkowe | Znajomość języka angielskiego na poziomie min. B1/B2 |
| Liczba punktów ECTS | 1 ECTS |
|
Bilans punktów ECTS |
.
Jeden punkt ECTS odpowiada efektom kształcenia, których uzyskanie wymaga od studenta średnio 25-30 godzin pracy, przy czym liczba godzin pracy studenta obejmuje zajęcia organizowane w ramach studiów doktoranckich zgodnie z ich planem oraz jego pracę indywidualną. Praca indywidulana obejmuje poszerzenie wiedzy na podstawie związanej z wykładem bibliografii (vide poniżej). |
| Stosowane metody dydaktyczne | Ćwiczenia z całą grupą lub w mniejszych grupach / parach; dyskusje, debaty, prezentacje studentów; prace domowe |
| Metody sprawdzania i oceny efektów kształcenia uzyskanych przez doktorantów | Egzamin ustny |
| Forma i warunki zaliczenia przedmiotu | Pozytywna ocena z egzaminu |
| Treść przedmiotu
|
1. Czasy gramatyczne: przegląd
2. Słownictwo: czasowniki formalne i nieformalne 3. Wspólne cechy języka akademickiego 4. Spójniki i łączniki w tekstach naukowych. 5. Prezentacje: komunikacja niewerbalna: kontakt wzrokowy oraz język ciała 6. Unikanie powtórzeń: kolokacje czasownik – rzeczownik 7. Podsumowania i parafrazy 8. Słownictwo: podstawowe czasowniki frazowe 9. Używanie odnośników. 10. Prezentacje: wstęp oraz odnoszenie się do wcześniej wspomnianych treści. 11. Rozumienie tekstu: rozumienie z kontekstu 12. Słownictwo: opisywanie ciągu przyczynowo – skutkowego. 13. Tryby warunkowe. 14. Wyrażanie opinii, (nie) zgadzanie się. 15. Prezentacje: wprowadzanie pomocy wizualnych. 16. Słownictwo: opisywanie procesu. 17. Konwencje w języku akademickim: cytaty, tabele, wykresy, akronimy i skróty. Pisownia brytyjska i amerykańska. 18. “Hedging” w języku akademickim. 19. Struktury emfatyczne. 20. Prezentacje: używanie intonacji oraz efektywne wykorzystanie pauz. 21. Słownictwo: przymiotniki używane do wyrażania oceny 22. Pisanie streszczeń. 23. Strona bierna. 24. Prezentacje: podsumowanie, radzenie sobie z pytaniami. |
| Materiały dodatkowe
|
artykuły, prezentacje TED, materiały własne przygotowane przez lektora |
| Bibliografia
|
M Hewings. Cambridge Academic English. Upper Intermediate. Cambridge University Press (2012).
M McCarthy, F Odell. Academic Vocabulary in Use. Cambridge University Press (2017). K Paterson, R Wedge. English Grammar and Practice for Academic Purposes. Oxford University Press (2013) J Bottomley. Academic Writing for International Students of Science. Routledge (2015). |