I Letnia Szkoła Programowania dla Biologów (w języku Python)
Dla kogo?
Zajęcia adresujemy do szerokiego grona osób posiadających biologiczny background, chcących rozwijać swoje kompetencje w zakresie programowania: biologów, biotechnologów, genetyków, lekarzy, biochemików, bioinformatyków itp.
Kiedy?
19-23 września 2022, zajęcia odbywają się od poniedziałku do piątku w godz. 9.00 – 17.00 (w tym 4 przerwy).
Gdzie?
online, platforma ZOOM
Fee
2999,99 PLN brutto (2439,02 netto).
Program
W ramach szkoły uczestnicy nauczą się podstaw programowania w Pythonie, poznają różne typy danych i ich zastosowania, nauczą się efektywnie wykorzystywać pętle do powtarzania operacji, poznają funkcje, różne zagadnienia związane z obiektowością, obsługę wyjątków oraz wiele innych zagadnień. Podczas ćwiczeń uczestnicy będą mieli okazję stworzyć kod czytający i zapisujący pliki FASTA, będą w stanie wykonywać polecenia systemowe (lub uruchomić program) z poziomu kodu Pythona, efektywnie poruszać się po katalogach i podkatalogach. Dzięki wyrażeniom regularnym uczestnicy będą w stanie w łatwy sposób wyszukać interesujący motyw w sekwencji nukleotydowej, a poznanie biblioteki argparse pozwoli na uruchamianie własnych skryptów z parametrami. Ponadto uczestnicy poznają wybrane funkcjonalności popularnej biblioteki biologicznej Biopython.
Zadania i przykłady podczas szkoły w dużym stopniu odwołują się do wiedzy biologicznej.
Zakres tematyczny zajęć obejmuje:
- wprowadzenie
- dane, typy danych numerycznych
- operacje na danych numerycznych
- łańcuchy znaków/stringi
- operacje warunkowe
- listy, krotki, zakresy
- pętle: while i for
- zbiory
- słowniki
- operacje na sekwencjach
- funkcje
- funkcje lambda
- zasięgi zmiennych
- wstęp do programowania obiektowego (klasy, instancje, dziedziczenie)
- wyjątki
- manager kontekstu
- praca z plikami na przykładzie plików fasta i fastq
- praca z argumentami w linii poleceń (biblioteka argparse)
- praca z katalogami i plikami (biblioteka os, glob, shutil)
- wstęp do wyrażeń regularnych – praca z danymi biologicznymi (biopython)
Wymagania sprzętowe: zainstalowany Python w wersji najlepiej 3.10, PyCharm (może być w wersji EDU)
Liczebność grupy: min. 10 osób, maks. 20 osób.
Trener
Dr n. chem. Tomasz Woźniak jest bioinformatykiem w Instytucie Genetyki Człowieka PAN, gdzie realizuje projekty z zakresu analizy danych i tworzenia nowych narzędzi informatycznych. Programowaniem w języku Python zajmuje się od 2007 roku. W sumie przeprowadził ponad 30 różnych kursów w zakresie programowania w języku Python, tworzenia stron internetowych z wykorzystaniem frameworka Django, pracy z repozytorium GIT, podstaw grafiki wektorowej i podstaw programowania w języku R. Kursy były przeprowadzone zarówno dla pracowników Instytutu, klientów biznesowych oraz w ramach współpracy z dużymi firmami szkoleniowymi.
Kontakt
Kwestie organizacyjne: Krystyna Kwiatkowska