Wiosenna szkoła

II Wiosenna Szkoła Programowania dla Biologów (w języku Python)

Dla kogo?

Tegoroczny kurs został podzielony na dwa bloki tematyczne: pierwszy – bardziej ogólny pozwoli przyswoić podstawy programowania i posługiwanie się językiem Python, drugi poświęcony będzie bardziej zaawansowanym zagadnieniom tego języka szczególnie przydatnym w pracy biologa.

W związku z powyższym zachęcamy do zapisów zarówno osoby chcące poznań same podstawy programowania, jak i tych, którzy pragną rozwijać swoje umiejętności programowania w zakresie nauk biologicznych, chemicznych (dla biologów, biotechnologów, genetyków, lekarzy, biochemików, bioinformatyków).

Kiedy?

Część pierwsza 13-17 marzec 2023, część druga 20-22 marzec 2023, zajęcia odbywają się od poniedziałku do piątku w godz. 9.00 – 17.00 (w tym 4 przerwy).

Gdzie?

online, platforma ZOOM

Cena

Promocja:

W przypadku rejestracji do 28.02.2023 będą obowiązywały ceny promocyjne:

Cały kurs: 3500 PLN netto – 4305 PLN brutto

Część pierwsza kursu: 2500 PLN netto – 3075 PLN brutto

Część druga kursu: 1500 PLN netto – 1845 PLN brutto

Dla osób, które uczestniczyły w I Letniej szkole programowania dla biologów cena drugiej części to 1250 PLN netto – 1537,5 PLN brutto.

 

Od 1.03.2023 cena kursu wyniesie:

Cały kurs: 4000 PLN netto – 4920 PLN brutto

Część pierwsza kursu: 3000 PLN netto – 3690 PLN brutto

Część druga kursu: 2000 PLN netto – 2460 PLN brutto

Dla osób, które uczestniczyły w I Letniej szkole programowania dla biologów cena drugiej części to 1500 PLN netto – 1845 PLN brutto.

Program

W ramach szkoły uczestnicy nauczą się podstaw programowania w Pythonie, poznają różne typy danych i ich zastosowania, nauczą się efektywnie wykorzystywać pętle do powtarzania operacji, poznają funkcje, różne zagadnienia związane z obiektowością, obsługę wyjątków oraz wiele innych zagadnień. Podczas ćwiczeń uczestnicy będą mieli okazję stworzyć kod czytający i zapisujący pliki FASTA, będą w stanie wykonywać polecenia systemowe (lub uruchomić program) z poziomu kodu Pythona, efektywnie poruszać się po katalogach i podkatalogach. Dzięki wyrażeniom regularnym uczestnicy będą w stanie w łatwy sposób wyszukać interesujący motyw w sekwencji nukleotydowej, a poznanie biblioteki argparse pozwoli na uruchamianie własnych skryptów z parametrami. Uczestnicy nauczą się korzystać z zasobów zdalnych, pokazane będzie jednoczesne uruchamianie wielu zadań oraz metody na tymczasowe przechowywanie stanu zmiennych w skrypcie. Uczestnicy poznają wybrane funkcjonalności popularnej biblioteki biologicznej Biopython. Ponadto omówione zostaną takie zagadnienia jak tworzenie generatorów, wstęp do testowania czy optymalizacji.

Zadania i przykłady podczas szkoły w dużym stopniu odwołują się do wiedzy biologicznej.

Na podstawie doświadczeń z pierwszej szkoły programowania dla biologów zdecydowaliśmy się na rozszerzenie materiału kursu, dodaniu dodatkowego czasu na ćwiczenia oraz podzielenie kursu na dwie części: Pierwsze pięć dni kursu pozwolą na przyswojenie podstaw języka, natomiast trzy kolejne dni będą poświęcone poznawaniu biblioteki biopython, oraz innym bardziej zaawansowanym zagadnieniom języka przydatnym w pracy biologa.

Zakres tematyczny zajęć części pierwszej kursu obejmuje:

  • wprowadzenie
  • dane, typy danych numerycznych
  • operacje na danych numerycznych
  • łańcuchy znaków/stringi
  • operacje warunkowe
  • listy, krotki, zakresy
  • pętle: while i for
  • zbiory
  • słowniki
  • operacje na sekwencjach
  • funkcje
  • funkcje lambda
  • zasięgi zmiennych
  • wstęp do programowania obiektowego (klasy, instancje, dziedziczenie)
  • wyjątki
  • manager kontekstu
  • praca z plikami na przykładzie plików fasta i fastq
  • praca z katalogami i plikami (biblioteka os, glob, shutil)
  • pobieranie danych poprzez API, biblioteka requests i format JSON

Zakres tematyczny części drugiej obejmuje:

  • wstęp do wyrażeń regularnych
  • praca z danymi biologicznymi (biopython)
  • praca z argumentami w linii poleceń (biblioteka argparse)
  • biblioteka threading i multiprocessing – uruchamianie kilku zadań jednocześnie
  • utrwalanie danych tymczasowych z wykorzystaniem biblioteki pickle
  • wstęp do generatorów
  • wstęp do testowania
  • wstęp do optymalizacji
  • wstęp do biblioteki BeautifulSoup (parsowanie html oraz xml)

Wymagania sprzętowe: zainstalowany Python w wersji najlepiej 3.11, PyCharm (może być w wersji EDU), w części drugiej zajęć może być również przydatny Docker oraz Docker-compose

Liczebność grupy: min. 10 osób, maks. 20 osób.

Trener

Dr n. chem. Tomasz Woźniak jest bioinformatykiem w Instytucie Genetyki Człowieka PAN, gdzie realizuje projekty z zakresu analizy danych i tworzenia nowych narzędzi informatycznych. Programowaniem w języku Python zajmuje się od 2007 roku.  W sumie przeprowadził ponad 30 różnych kursów w zakresie programowania w języku Python, tworzenia stron internetowych z wykorzystaniem frameworka Django, pracy z repozytorium GIT, podstaw grafiki wektorowej i podstaw programowania w języku R. Kursy były przeprowadzone zarówno dla pracowników Instytutu, klientów biznesowych oraz w ramach współpracy z dużymi firmami szkoleniowymi.

 

Uwaga – osoby rejestrujące się na cały kurs muszą osobno zapisać się na każdą z części.

ZAREJESTRUJ SIĘ NA PIERWSZĄ CZĘŚĆ

ZAREJESTRUJ SIĘ NA DRUGĄ CZĘŚĆ

 

Kontakt

Kwestie organizacyjne: Krystyna Kwiatkowska