Instytut Genetyki Człowieka PAN, jako pierwsze laboratorium w Europie Środkowo-Wschodniej, uzyskał tytuł Certified Service Provider (CSP) w zakresie wykonywania analizy transkryptomiki przestrzennej Visium (Visium Spatial Transcriptomics).
Zespół prof. Andrzeja Pławskiego z Innowacyjnego Centrum Medycznego Instytutu Genetyki Człowieka PAN w składzie:
- dr inż. Marta Kaczmarek-Ryś
- dr inż. Joanna Suszyńska-Zajczyk (UP- Poznań)
- dr inż. Szymon Hryhorowicz
- mgr inż. Emilia Lis-Tanaś
- mgr inż. Alicja Kryszczyńska
- mgr Monika Knaur
pozytywnie przeszedł proces akredytacji w zakresie najlepszych praktyk 10x Genomics i tym samym dołączył do grona wysoko wykwalifikowanych laboratoriów wykonujących analizy z zakresu transkryptomiki przestrzennej.
Transkryptomika przestrzenna jest połączeniem profilowania ekspresji genów z charakterystyką morfologiczną tkanek. Jest to badanie umożliwiające identyfikację komórek oraz procesów w nich zachodzących na podstawie profilu ekspresji z jednoczesną możliwością lokalizacji tych profili w strukturze przestrzennej tkanki. Dzięki temu można badać procesy zachodzące w przestrzeni tkankowej i analizować je w poszczególnych subpopulacjach komórek pod wpływem czynników zewnętrznych np. leków lub toksyn, jak również badać wpływ procesów chorobowych na poszczególne elementy tkanki. Technika ta otwiera również nowe możliwości w badaniu guzów nowotworowych, których niejednorodność jest czynnikiem utrudniającym dobór skutecznej terapii.
Certyfikacja obejmuje wszystkie etapy analiz. Jako certyfikowany usługodawca platformy Visium, Innowacyjne Centrum Medyczne oferuje kompleksowy proces realizacji projektów transkryptomiki przestrzennej obejmujący:
- przygotowanie i ocenę tkanek,
- sekcję tkanek świeżo mrożonych (FF) lub tkanek osadzonych w parafinie (FFPE),
- przeprowadzenie protokołu Visium Spatial Tissue Optimization w celu określenia optymalnych warunków dla każdej tkanki,
- przeprowadzenie protokołu Visium Spatial Gene Expression, w tym również sekwencjonowania,
- Wizualizację i analizę danych.
Certificate – Institute of Human Genetics Polish Academy of Sciences